A história da Unigranrio começou em 1970, ano em que o professor José de Souza Herdy criou a Associação Fluminense de Educação (AFE), entidade mantenedora das então Faculdades Unidas Grande Rio. Em 1972, foram implantados os primeiros cursos superiores – Ciências Contábeis e Administração. Os cursos de Pedagogia e Letras começaram a funcionar no ano seguinte, sendo criado, em 1974, o Centro Educacional de Duque de Caxias (CEDUC) para atuar como Colégio de Aplicação.

A década de 80 registrou a criação dos primeiros cursos da área de Saúde — Odontologia, Enfermagem e Farmácia —, seguidos dos cursos de Ciências Biológicas, Matemática e Química. Quando o professor José de Souza Herdy faleceu, em 1989, deixou montada toda uma estrutura que possibilitou a continuidade da obra educacional. Assumiu a direção geral da instituição o seu filho, Arody Cordeiro Herdy, que coordenou todo o processo de reconhecimento das Faculdades Unidas Grande Rio como Universidade.

O ato de reconhecimento da Universidade do Grande Rio Prof. José de Souza Herdy – UNIGRANRIO se deu pela Portaria Ministerial nº 940, publicada no D.O.U. de 17 de junho de 1994, tendo sido então criados os cursos de Direito, Informática e Secretariado Executivo. Em 1995, vieram integrar este elenco o curso de Medicina Veterinária e a habilitação Português-Espanhol do curso de Letras. Os anos 90 registraram a criação dos cursos de Medicina e Fisioterapia, que vieram enriquecer a área da saúde. No primeiro semestre de 2000, a Unigranrio lançou o curso de Educação Física. Já em 2003 criou o curso de Bacharelado em Serviço Social e inúmeros cursos superiores de tecnologia, e no primeiro semestre de 2004, iniciaram-se os cursos de Bacharelado em Nutrição, Licenciatura em Educação Artística (Artes Visuais) e Licenciatura em História.